Chapter 1. ISPmanager
Изменить корневую папку в ISPmanager напрямую нельзя. Вы можете удалить «WWW домен» и создать его заново, указав необходимую корневую папку.
Внимание! При удалении WWW домена папка с сайтом будет удалена навсегда!
Chapter 2. Parallels Plesk Onyx 17
- откройте панель управления и на вкладке «Сайты и домены» кликните Настройки хостинга рядом с именем домена:

 - на открывшейся странице в поле Корневая папка пропишите путь к новой папке сайта:
изменить корневую папку 

нажмите OK внизу страницы для сохранения изменений.
Chapter 3. cPanel
- откройте панель управления и в блоке «Домены» выберите пункт Дополнительные домены:

 - на открывшейся странице нажмите на значок редактирования рядом с корневым каталогом сайта:

 - укажите путь к новой папке сайта и нажмите Изменить для сохранения изменений:

 
Стоит указать, что isp5 по умолчанию удаляет папку сайта при удалении www-домена. При чем без уведомления