Проблема в установке была в самой ОС Debian
в лог файле:
cat /usr/local/mgr5/var/pkg.log
Была ошибка:
*** Thu Apr 5 19:35:57 +05 2018 *** removing apache2-utils with rdepends E: dpkg was interrupted, you must manually run 'dpkg --configure -a' to correct the problem.
Мы выполнили в консоли по ssh
команду
dpkg --configure -a
После выполнения команды, удалось запустить процесс установки пакетов nginx и apache в панели управления ISPmanager в разделе Настройки — Возможности.
Ссылки по теме: