Если у вас установлен также Nginx на сервере, то нужно изменить /etc/nginx/vhosts-includes/phpmyadmin-nginx.conf. location /phpmyadmin на свой.
В случае с ISPmanager Lite достаточно изменить
extaction phpmyadmin http://$site/phpmyadmin/
в файле /usr/local/mgr5/etc/ispmgr.conf.d/myadmin.conf, как правило.
Если же ISPmanager Business у вас, то нужно добавить строку
path phpmyadmin-redirect адрес
в конфигурационный файл (https://doc.ispsystem.ru/index.php/Настройка_ссылок_на_почтовый_клиент,_phpMyAdmin,_phpPgAdmin_в_ISPmanager_Business).
После правок конфига nginx не забыть перезапустить nginx, после правок конфигов панели – перезапустить core.